Auch wenn die Micropigmentation ein vergleichsweise kleiner, nicht-chirurgischer Eingriff ist, kann es in vereinzelten Fällen zu folgenden Komplikationen kommen:
Die verwendeten Farbstoffe können in seltenen Fällen eine allergische Reaktion auslösen und es kann zu leichten bis starken Reizungen der Kopfhaut kommen. Wenn diese nicht frühzeitig behandelt werden, kann es unter Umständen auch zu schweren Entzündungen führen.